Suriye hükümeti, Fırat Nehri üzerinde 1968 tarihinde başlattığı Tabka Barajı'nın 1973 yılında tamamlanacağını ve barajın su toplamaya başlamasıyla Caber Kalesi ve Süleyman Şah'ın türbesinin tamamen sular altında kalacağını ileri sürerek Türk Hükümeti'nden türbenin yerini değiştirmesini ya da türbenin Türkiye'ye naklini talep eden bir nota gönderdi. Türkiye de buna karşılık Suriye'ye bir nota verdi ve Keban Barajı'nın kapaklarını kapatarak Fırat Nehri üzerinden Suriye'ye su akışını engelledi. Karşılıklı bu restleşmenin ardından Türkiye bölgeye Devlet Su İşleri'nde (DSİ) görevli uzmanlar ve mimarlar gönderdi ve türbenin nereye taşınabileceğinin tespit edilmesini istedi. Ankara ve Şam hükûmetleri arasında uzun süren müzakerelerin ardından bir anlaşma imzalandı. Anlaşmaya göre;
Türbe, müştemilatı ile birlikte Halep–Hasseki yolu üzerinde bulunan Karakozak köyü yakınındaki yeni yerine nakledilecek,
Barajın kenarında türbenin bu günkü konumuna en yakın yerde mermerden bir kitabe dikilecek,
Türbenin bugünkü yerini tespit etmek maksadıyla göl üstüne bir şamandıra konacaktır.
1973 yılında türbe ve karakol, Halep'e 123, Şanlıurfa'ya 92 km uzaklıktaki Fırat'ın doğu kıyısındaki Karakozak köyündeki 10.096 m²'lik yeni yerine taşınmıştır. Bilinenin aksine günümüzde Türbe Caber Kalesi'nde değil, Halep'in Karakozak köyü yakınındaki yeni yerindedir.
1995 yılında, Suriye Hükûmeti bu kez de Fırat Nehri'nin daha üst kotlarında inşasına başladığı Teşrin Barajı sebebiyle Karakozak bölgesindeki Süleyman Şah Türbesi'nin bölge dışında başka bir alana ya da Türkiye'ye taşınması hususunu yeniden gündeme getirdi. Bunun üzerine Türkiye ile Suriye arasında yapılan görüşmeler sonucunda türbenin mevcut yerinin baraj gölünün olumsuz tesirlerinden korunması için tahkim edilmesine karar verildi. 2001 yılında Fırat Nehri üzerindeki Teşrin Barajı'nın tamamlanması nedeniyle türbenin taşınması bir kez daha gündeme geldi. Suriye tarafı bu defa türbenin şimdiki yerinden de kaldırılarak gösterecekleri ve Türk tarafının da kabul edeceği bir yere taşınmasını istedi. Ancak 57. Türkiye Hükûmeti'nin girişimleriyle proje, türbenin mevcut yerinin korunması yönünde değiştirildi.
23 Ocak 2003 tarihinde Ankara'da "Süleymanşah Türbesi Tahkimat Projesinin Uygulanmasına İlişkin Ana Tutanak" imzalandı. Bu çerçevede 10 dönüm'lük türbe arazisi sınırları tahkim edilmiş, türbe binasının içi ve dışı onarılmış, karakol binası da yeniden inşa edilmiş ve Süleyman Şah Türbesi yeniden ziyarete açılmıştır.